Si ponés "reparar" te queda todo como estaba. Si reinstalás (formatear e instalar todo de nuevo) se te borra todo y tenés que instalar todo de nuevo
claro.. pero como decia yo antes, hay q ver segun el casoo.. quizas si no tenes archivos tan importantes te conviene formatear como ntfs (opcion de la instalacion) y despues instalar de 0.. con reparar te queda todo intacto..